本分校は、九州北方の玄界灘にある南北１７ｋｍ・東西１４ｋｍの壱岐島内に位置します。壱岐市立盈科小学校内に平成１９年４月に設置された壱岐分教室（小中学部）と長崎県立壱岐高等学校内に平成２５年４月に設置された高等部壱岐分教室が、平成２７年４月に「長崎県立虹の原特別支援学校壱岐分校」として開校しました。

　壱岐島の豊かな自然と地域の方々の温かさに触れ、恵まれた環境の中でのびのびと個性を生かす教育を行っています。