○平成１４年 ４月 １日 県立虹の原養護学校開校（県立久原養護学校から校名変更、校舎改築移転）
１１月１６日 平成天皇・皇后両陛下行幸啓、本校御視察
１１月３０日 開校記念式典挙行
○平成２４年 ３月２７日 多目的室を新築
１０月２１日 １０周年記念式典挙行
○平成１９年 ４月１０日 壱岐分教室開設式・入学式・始業式挙行（小学部８名、中学部１名）
※県内で初めて小学校内（壱岐市立盈科小学校）に開設されました。
○平成２５年 ３月１５日 多目的教室を増築
４月１１日 壱岐高等学校校舎内に本校高等部分教室開設
○平成２７年 ４月 １日 虹の原特別支援学校壱岐分校開校（小中学部、高等部）
４月１０日 壱岐分校開校式・入学式・始業式挙行
