| 昭和４０年 ４月 | 長崎県立五島高等学校奈留分校 開校 |
| 昭和５１年 ４月 | 長崎県立五島高等学校 奈留分校独立 長崎県立奈留高等学校となる |
| 昭和６３年 ８月 | 愛唱歌「瞳を閉じて」歌碑建立 |
| 平成 ７年 １０月 | 創立３０周年記念式典 |
| 平成１０年度 | 中高一貫教育実践研究の委嘱を受ける（文部省） |
| 平成１３年度 | 中高一貫教育（連携型）導入 |
| 平成１７年度 | 小中高一貫教育の導入に向けた研究指定 |
| 平成１７年 １０月 | 創立４０周年記念式典 |
| 平成２０年度 | 小中高一貫教育導入 |
| 平成２７年 １０月 | 創立５０周年記念式典 |
| 平成３０年度 | 離島留学制度開始 |
| 令和 ３年度 | ＣＯＲＥハイスクール・ネットワーク構想の委嘱を受ける（文部科学省） |
