「五島の海に登る朝日のように清らかで情熱的な心と、いかなる困難にもくじけることのない逞しさをもち、伝統への敬意を胸に、瞳たかく新たな道に乗り出して行くような人物に成長してほしい」との願いが込められ制定された。

「赤色の円」
　五島の海に昇る太陽を表し、確かな自己実現のために、熱い情熱を胸に、五島海陽高校に集う生徒たちをイメージしている。

「三本ののびやかな曲線」
　五島灘を吹き渡る颯爽とした風を示している。その１本１本には、素直な心で自らを高め、常に新たな道を切り開くことを謳う校訓「誠実」・「自彊」・「開拓」がなぞらえられている。

「周囲をかたどる六角形」
　五島市江川町に今も残る「六角井戸」（長崎県指定文化財）を模したもので、天文９年（1540年）に通商のため福江島を訪れた明国商人王直に、同島の領主であった宇久盛定が唐人町の居住地とこの井戸を与え、島の財政に活力をもたらしたという歴史にちなんでいる。この部分だけが前身の五島商業高校の校章のデザインを残している。