明治４２年長崎県立猶興館中学壱岐分校として開校し、同４５年長崎県立壱岐中学校となる。独立するに当たり、壱岐における唯一の中学校に対する全島民の期待を象徴するものとして、壱岐の島の古称「雪の島」より雪と、壱岐中学校を意味する「中」の字を図案化した。（壱岐中学校 神野浅次郎氏による）
昭和２３年学制改革によって長崎県立壱岐高等学校となり、壱岐中学校の校章の「中」を「高」に替えた現在の図案が利用された。（併設中第１回卒 川村和敬氏による）
【壱岐高校歌】 作詞 吉田邦治
山本文夫
作曲 山口常光
一、マイン河畔に あらねども
黒潮躍る 玄海に
飛沫を浴びて 千載の
天籟を聞く 壱岐島根
純潔学徒 一千の
文化の矛は 煌めけり
二、駘蕩の春 よそにして
書読む乙女 君知るや
高天の秋 眉あげて
鍛ふる男の子 君見ずや
雌伏の三年 鉄の意志
喜応台上 栄あれ
三、ヴィナスの使徒に あらねども
契も堅し 金蘭の
ああ香ぐはしき 情誼かな
枝を交へし 老松も
ゆかしき響 奏でずや
親和の母校 誇あれ
四、試練の吹雪 襲ふとも
玲瓏星は またたけり
歩みは高し 明朗の
輝く叡智 をやみなく
久遠の真理 究め行く
自由の学府 誉あれ
