本校生徒会は、２つの組織で運営しています。
〇総務委員会…生徒会の執行機関で、生徒会活動全体を運営する組織です。会長、副会長、議長、副議長、総務が所属しています。本校の生徒会は「長崎県高文連 生徒会交流専門部」の事務局校として長崎県の生徒会活動の活性化にも取り組んでいます。
〇企画委員会…各種行事を総務委員会と連携を図りながら、専門的に企画・運営する組織です。演劇班、舞台・芸術班（軽音・音響・照明）、広報班（新聞）から成り立っています。演劇班は各種大会への出場、そして舞台・芸術班は地域での演奏にも取り組んでいます。
また、長崎県高文連の「生徒会交流専門部」の事務局校でもあるため、本校生徒会はその生徒委員会の会員でもあります。
本校生徒会長が生徒会交流専門部の生徒委員長を司ります。
生徒会は、本校の大きな特徴の一つです。
生徒会総務委員会＋企画委員会
（演劇大会出場メンバー）
生徒会総務委員会 H30後期メンバー
[生徒会企画委員会 H30メンバー
企画委員会「舞台・芸術班」
企画委員会「演劇班」
[
生徒会交流専門部「生徒会交流合宿」
※本校生徒会が企画・運営を行っています